CopyPastes Zwischenablagen können jegliche Art von Daten in jeder Größe enthalten ohne Einschränkungen, aber....
• Einige Programme, wie etwa Musik-Programme wie 'Alchemy', geben ihre Zwischenablage nicht an andere Programme heraus, so daß CopyPaste da nicht heran kann. Schreiben Sie den Programmieren dieser Programme. Es kostet sie nur eine Zeile Programm Code um alle Daten in die Zwischenablage zu bringen.
• Einige Programme setzen nur einen Teil ihrer Daten in die Zwischenablage. Eine Textverarbeitung könnte beispielsweise nur reinen Text ohne Formatierungen in die Zwischenablage schreiben. In diesen Programmen verlieren Sie informationen über Schriftart und -größe.  MS-Word 4.x-5.X erlaubt aber beispielsweise in seinen Voreinstellungen die Wahl RTF in der Zwischenablage zu nutzen und RTF immer zu interpretieren. Damit bleiben dann die Formatierungen in allen Zwischenablagen erhalten. 
• Einige Programme nutzen eine eigene Menüdarstellungsfunktion, die die Darstellung der CopyPaste Menüs verhindert. In den Voreinstellungen von CopyPaste können Sie diese Darstellungsfunktion durch die systemeigene ersetzen. Dadurch verlieren Sie aber die Darstellung besonderer Tastaturfunktionen oder ähnlichem. (Die Funktion geht nicht verloren, nur die Darstellung) 
• Es gibt Systemerweiterungen, die die Menüfunktionen ändern, so wie CopyPaste. Das kann allerdings zu Problemen in Verbindung mit CopyPaste führen. Magic Menu von Aladdin crasht wenn CopyPaste installiert ist. Popup Folder 2.0.1 löscht die Event - Meldungen beim Verlassen der eigenen Routinen und verhindert CopyPastes Menüfunktionen. Es gibt auch eine Fax software, die zusammen mit CopyPaste die Menüleiste durcheinander bringt. 
Um diese Probleme zu lösen können Sie folgenden Weg gehen: Legen Sie die Erweiterung, die die Probleme verursacht, in den Ordner Systemerweiterungen Ihres Systems. Fügen Sie in den Dateinamen der Erweiterung ein Leerzeichen an erster Stelle ein. Dadurch wird diese Erweiterung von CopyPaste geladen und einige Probleme werden gelöst. Hilft das nicht, dann prüfen Sie die Voreinstellungen der Erweiterung ob es die Möglichkeit gibt die Menüfunktion auszuschalten. Hilft das auch nicht, dann schalten Sie die Menüunterstützung von CopyPaste in den Voreinstellungen aus. 
Danach finden Sie natürlich den Menüpunkt "Zwischenablagen zeigen" nicht mehr in den Menüs, Sie können das Fenster und die Voreinstellungen aber trotzdem noch öffnen, indem Sie das Tastaturkommando Befehl + C + Mausklick benutzen. Sie können auch die Voreinstellungsdatei CopyPasteData im Preferences Ordner Ihres Systems löschen.
• Einige Programme nutzen das Tastaturkommando Befehl + Tabulator um zwischen eigenen Daten hin und her zu schalten. Diese Funktion wird durch den Programm Switcher überschrieben. Um das zu verhindern, müssen Sie den Programm Switcher in den Voreinstellungen ausschalten.
• Einige Programme wie QuarkXpress oder HyperCard oder Ragtime nutzen das Kommando Ctrl + Maus für eigenen Funktionen. Daher ist Tag and Drop in den Voreinstellungen standardmäßig ausgeschaltet.
• Einige Systemerweiterungen  werden durch den Erweiterungs Manager von System 7.5 nicht erkannt. Hintergrund Programme wie z.B. HP Background gehören dazu. Wenn Sie also nach Erweiterungs Unverträglichkeiten forschen wollen, dann müssen Sie das System von Hand säubern. Vergessen Sie den Start Objekte Ordner dabei nicht. Bedenken Sie, wir haben bisher noch von keinem Problem mit CopyPaste gehört, das in einem wirklich sauberen System installiert war. 
• Wenn Ihr System abstürzt, dann kann es vorkommen, daß die Datei CopyPasteStore im Preferences Ordner zerstört wird und Sie die Zwischenablagen beim Neustart nicht mehr erhalten können. Löschen Sie die Datei einfach und alles sollte wieder funktionieren.